《軒轅劍三》的故事發生在《軒轅劍二》後的故事，是關於主角古月聖和天書的故事。在這個故事中，玩家將扮演古月聖，在尋找傳說中的天書過程中，展開一段充滿神秘與冒險的旅程。
在這個故事中，天書和魔器成為主線的重要元素。玩家需要收集傳說中的三神器：軒轅劍、煉妖壺和昊天鼎，以解決世界的危機。此外，該故事涉及到多個國家之間的戰爭和衝突，展現了人性的光輝和黑暗。
在故事中，主角古月聖將與眾多角色相遇和互動，如姬亭、龍小雲、燕赤霞等，這些角色將為遊戲增添更多的戲劇性和故事性。整個故事充滿了神秘、冒險、戰鬥和友情等多種元素，為玩家呈現了一個豐富多彩的世界。