輪蟲和車輪蟲雖然都屬於原生動物門，但它們屬於不同的綱，輪蟲屬於輪蟲動物門，而車輪蟲屬於纖毛綱。兩者的主要區別在於：
分類：
輪蟲是單獨的一箇門，稱爲輪蟲動物門。
車輪蟲屬於纖毛亞門、寡膜纖毛綱、緣毛亞綱、緣毛目、壺形科。
大小：
輪蟲的大小一般在45微米～2.5毫米之間，通常在100～250微米。
車輪蟲的蟲體大小約爲20~40微米。
生活習性：
大多數輪蟲是濾食性的，以水體中的細菌、微型藻和有機碎屑爲食。
車輪蟲是寄生蟲，對宿主有害。
功能：
輪蟲可以作爲餌料生物，是苗種的很好的開口料。
車輪蟲作爲寄生蟲，對宿主有害，危害很大。
綜上所述，輪蟲和車輪蟲在生物分類、大小、生活習性以及功能上都有顯著的區別。