辣椒色素的提取過程通常包括以下步驟：
準備辣椒。將成熟的紅辣椒去籽並烘乾，然後粉碎成400目的辣椒粉末。
浸提。在63℃下，使用95%的乙醇（食用級）浸提辣椒粉末2小時，然後蒸餾回收乙醇。這樣處理後，可以得到紅色的黏稠物。接著，用己烷再次浸提殘留物1小時，然後蒸餾除去己烷，得到辣椒樹脂。
萃取。首先使用丙酮（食用級）萃取辣椒樹脂，丙酮用量為樹脂的2倍，攪拌後靜置分離雜質，濃縮除去溶劑。然後用己烷以1/3的丙酮用量再次萃取。
精製。萃取後的濃縮物進行水蒸氣蒸餾約45～60分鐘，直到聞不到辣味和異味為止。之後，將物料真空乾燥，得到油狀的色素粗產品。
純化。將色素粗產品溶解在己烷中，加入脂肪酶和果膠酶去除雜質，如磷脂、樹脂等。然後通過柱層析法使用Al2O3作為吸附劑和氯仿作為洗脫劑進行純化，最終得到脂溶性的辣椒紅色素。
製備水溶性辣椒紅色素。向得到的脂溶性辣椒紅色素中加入抗氧化劑，如硫代二丙酸二月桂酯（DLTP）和叔丁基對羥基甲苯（BHT），混合後加入硬脂酸單甘酯和瓊脂製成溶液，最後進行噴霧乾燥，得到紅色粉末狀的水溶性辣椒紅色素。