港澳通行證丟失時，應根據具體情況採取相應的處理措施：
在內地或大陸丟失。如果持有的是個人簽注（G簽），需要到戶口所在地的公安局出入境管理部門報失並申請補辦。如果持有的是團隊簽注（L簽），應直接聯繫幫助辦理簽注的旅行社進行補辦。
在港澳地區丟失。應立即報警並掛失，可以選擇到灣仔警署報失，因為外交部駐港公署位於附近，便於後續辦理旅行證。然後到外交部駐港公署申請旅行證，用於代替原通行證。在此期間，需要獲取一個香港當地的電話號碼以便接收通知。拿到旅行證後，再到香港入境處補辦簽注，這個過程可能會比較長，需要支付一定的費用（例如160港幣）。在旅行證上貼好標註後，就可以使用它離開香港。
此外，對於港澳同胞回鄉證丟失的情況，應向遺失地的市、縣或者交通運輸部門的公安機關報失，經調查屬實後，由公安機關出入境管理部門簽發一次性有效的入出境通行證。