蓮藕發黑的原因有多種，以下是幾種主要原因：
生物毒素。蓮藕變質時會分泌一種名為單寧的物質，這種物質與鐵離子結合會形成黑色的物質，導致蓮藕變黑。
氧化作用。蓮藕切開後，其中的酚類物質在多酚氧化酶的作用下與空氣中的氧氣發生氧化反應，導致蓮藕顏色變黑。
變質或發霉。如果蓮藕存放時間過長或保存不當，可能會發生霉變或變質，導致蓮藕表面出現黑斑，伴隨腐爛的味道。
與鐵質接觸。蓮藕中的酚類物質能與鐵元素發生化學反應，生成有色絡合物，使蓮藕變黑。
正常情況下，如果蓮藕因為氧化作用而發黑，可以繼續食用，對人體沒有危害，只是口感可能略有差異。然而，如果蓮藕因為變質、發霉而發黑，則不應食用，以避免食物中毒。在處理和保存蓮藕時，可以採取一些措施來減少發黑的可能性，例如將切好的蓮藕浸泡在鹽水中或水中加入少量醋，或者儘快將蓮藕烹飪或食用。