製作酵素肥的方法有多種，以下是兩種常見的製作方法：
把寶特瓶清洗乾淨，撕掉標籤，放入一層紅糖和橙皮、蘋果皮等果皮，加入水至瓶身的刻度處，確保果皮完全浸沒於水中。然後定期檢查並排放產生的氣體，以防瓶子爆裂。發酵過程中，如果液體變得清亮且呈紅棕色，無氣體產生，且帶有果皮的清香和醋酸味，則表明發酵成功。通常，第一次自製酵素肥需要發酵3個月以上，之後製作的酵素肥10-15天就可以發酵成功。酵素液肥稀釋200倍後，7-10天左右澆一次植物根部或噴灑到葉面上。
將廚餘垃圾和水果皮切成小塊，放入透明的玻璃瓶或白色塑膠瓶中，加入花生殼、香蕉皮、西瓜皮等材料，然後加入適量的水（可以使用淘米水以增加營養價值）。密封容器後，將其放置在陽光充足、溫度較高的地方發酵。夏天一般需要發酵1-2個月，冬天則需要更長時間。發酵後的液體富含鉀元素，適合用來澆花或蔬菜，而且偏酸性，適合大多數植物。