銀河鐵道之夜的主要內容是：
在銀河鐵道列車上，小林丸愛上了美麗高貴的綠衣少女喬娜。當小林丸發現喬娜的真實身份時，他驚訝地發現她竟是即將被處決的罪犯的女兒。小林丸決定設法營救喬娜，於是他穿越銀河鐵道，來到不同的星球，尋找營救喬娜的方法。在營救的過程中，小林丸結識了許多不同身份的乘客，如：想成為作家的少年、被追殺的偵探等等。最後，小林丸成功拯救了喬娜，而喬娜也為了感激銀河鐵道的幫助，承諾永不回到地球。
關於故事情節和角色之間的互動，故事裡既有溫情和友愛，又有挑戰和克服困難的勇氣。這使故事成為一個非常有趣的閱讀體驗。