《鋼之鍊金術師》03版的結局主要涉及以下幾個方面：
愛德華與阿爾馮斯的命運：
愛德華被恩維殺掉後，阿爾馮斯使用賢者之石救活了哥哥，但自己消失了。
愛德華隨後使用鍊金術救活了阿爾馮斯，並穿越到現實世界，與父親一起生活。
兄弟倆再次分開，愛德華失去了作為鍊金術師的能力，而阿爾馮斯失去了煉成母親後的全部記憶。
其他角色結局：
溫莉被迫與愛德華分開，因為她失去了愛德華這個「親人」。
姚林回到了新國成為國王。
大boss人造人的父親大人被真理之門吞噬，所有人造人除了普萊德外全滅。普萊德重生成小嬰兒被大總統夫人收養。
霍恩海姆大戰後身心力竭，死在了特蕾莎的墓前。
情感與記憶：
愛德華與溫蒂結婚，艾爾方斯找回了身體並與梅結婚。
阿爾馮斯失去了煉成母親後的全部記憶，這是一個悲傷的結局。
綜上所述，《鋼之鍊金術師》03版的結局充滿了悲劇色彩，不僅涉及主要角色的命運轉變，還包括了情感、記憶的喪失以及角色的分離。這些元素共同構成了該版本特有的故事結局。