《阿凡達1》的故事圍繞人類試圖通過外星星系探險找到新的生活居住環境的故事展開。一支探險隊伍在遙遠的星系中找到了名為潘多拉的星球，這裡的生態環境和生物多樣性令人驚嘆，但是人類貪慾橫行破壞了原本的生態平衡。人類與納美族人發生衝突，試圖開採礦石，與納美族人的和平衝突引發了整部影片的情節轉折。
男主角傑克·薩利是一個雙腿截肢的前海軍陸戰隊員，在一次太空任務中缺氧昏迷並被誤送到了潘多拉星。他被當作納美族人的囚犯對待，後來被納美族女孩納蒂雅所救，並與之相識相戀。在和納維人的接觸中，傑克逐漸理解並認同納維人的生活方式和信仰，最終他決定以納維人的身份和人類抗爭，保護潘多拉星球上的所有生物。
總的來說，《阿凡達1》的故事圍繞人類對未知星球的探索、探險，以及主人公在保護納維人及生態環境的衝突中成長和轉變的過程展開。這個故事探討了人類對科技、貪婪、道德和環境保護等主題的深刻思考。