院士制度在實施過程中存在一些弊端，主要包括：
非學術因素干擾。院士遴選過程中摻雜了過多非學術因素，如行政職務、個人名望等，影響了評選的公正性。
資源分配不公。院士擁有較大的學術影響力和資源分配權，可能導致資源不公平地集中於少數人，影響科研創新和學術風氣。
學術權力過大。院士在其所在領域擁有高度的權威性和影響力，可能影響科學研究的客觀性和公正性。
年齡和兼職問題。部分院士年齡偏大，兼職過多，尤其是行政職務，這可能影響他們的科研創新能力和學術專注度。
社會對院士的過度追捧。社會對院士的過度崇拜和追捧，可能導致學術評價體系扭曲，影響科研工作的實際價值。
學術道德問題。部分院士因學術道德問題遭到社會譴責，但仍能保持其院士身份，這可能對學術界的聲譽造成負面影響。
行政與學術不分。院士制度與國家權力緊密相連，導致院士同時掌握學術和行政權力，可能滋生學術腐敗和權力濫用。
這些弊端需要引起關注和改革，以確保院士制度能夠更好地服務於科學發展和學術進步。