雷祖殿主要供奉的是「九天應元雷聲普化天尊」，也被稱為南極長生大帝之化身。 這位天尊在道教中是雷部的最高天神，負責掌管複雜的雷神系統。雷祖殿兩側通常供奉風、雲、雷電四神將。此外，雷祖殿也可能供奉其他與雷相關的神祇，如鄧、辛、張、陶四大天帥。