電波鍾的校準通常有兩種方式：
自動校準。大多數電波鍾都有自動校準功能，將電波鍾放在空曠的地方，它會自動接收電波信號並進行時間校準，在接收到信號時，電波鍾通常會通過震動或閃爍提示，並自動調整時間和日期。
手動校準。首先取出電池，等待大約4秒後重新安裝，這將使電波鐘的指針全部走一圈並停止。然後，將電池取出，輕輕地將定位針插回去，將時分秒針對準12點，並平行安裝。重新安裝電池後，等待大約4分鐘，讓電波鍾接收電波信號並進行時間追校，在某些情況下，如果電波鐘的秒針停止走動，而分針正常走動，說明時鐘比當前時間慢或快，此時秒針會自動校正到當前時間。
此外，在手動校準過程中，有些電波鍾可以通過按下特定按鈕（如“模式”鍵）來調整時間，通常需要使用上下鍵來增加或減少調整量，並按下確認鍵保存調整後的時間。需要注意的是，在進行校準操作時，應確保電波鐘的底部沒有遮擋物，以便信號順暢接收。