清波魚的烹飪方法非常講究，能夠製作出多種風味獨特的菜餚。以下是兩種常見的烹飪方法：
傳統清波魚。首先宰殺清波魚並清洗乾淨，將魚頭和尾部分離出來，魚骨和魚排切成均勻塊狀，魚皮去掉後切成厚薄均勻的魚片。魚片用鹽、雞精、胡椒醃製，加入蛋清和豆粉拌勻，再加入少量色拉油防止粘連。魚骨也用鹽、雞精、胡椒醃製，可加少量花椒麵增香。蘆筍去老皮切段，焯水後裝盤。魚頭和魚尾焯水後裝盤。魚片在油溫三成熱時下鍋滑炒至熟，魚排沾麵包糠後炸至金黃。鍋中留少許油，加姜蒜片、野山椒炒香，加入高湯和調味料，放入魚片和蘆筍翻炒均勻，勾芡後淋入雞油增香增亮，最後將魚片和魚排分別放於盤兩側。
蔥香清波魚片。將清波魚清洗乾淨，片取兩扇魚肉切成薄片，魚片加鹽、味素、薑片醃製，再均勻抹上紅薯粉。木耳和冬粉焯水後鋪在盤底。鍋中加入豬油、雞油燒熱，放蔥段、薑片爆香，加大骨湯和調味料煮沸後下魚片煨熟。魚片湯澆在盤中，撒蔥花，淋熱油激發香味。
這兩種做法各有特色，能夠充分展現清波魚的風味和肉質的鮮美。