食品中的致病菌主要包括以下幾種：
沙門氏菌：屬於腸桿菌科，廣泛分布於自然界，常見於人和動物的腸道中。沙門氏菌感染的主要症狀包括胃腸炎，如嘔吐、腹瀉和腹痛。沙門氏菌主要污染肉和肉製品、蛋和蛋製品、奶和奶製品等。
大腸菌群：包括多種與糞便污染有關的細菌，通常表示食品受到了人和溫血動物的糞便污染。大腸菌群的超標可能導致腸道傳染病和食物中毒。
金黃色葡萄球菌：屬於葡萄球菌屬，是一種重要的病原菌。金黃色葡萄球菌廣泛存在於自然界中，包括空氣、水、灰塵及人和動物的排泄物中。它可以引起多種嚴重感染，如化膿感染、肺炎、偽膜性腸炎、心包炎等，甚至敗血症和膿毒症。
副溶血性弧菌：一種嗜鹽性細菌，主要污染海產品，如海洋魚類、蝦、蟹、貝類等。副溶血性弧菌感染是海產品消費引起人類胃腸炎的主要原因。
痢疾桿菌、致病性大腸桿菌、霍亂弧菌、炭疽桿菌、鼻疽桿菌、結核菌、布氏桿菌、豬丹毒桿菌等也是常見的食品致病菌。
黴菌：黴菌廣泛存在於環境中，可形成分枝繁茂的菌絲體。黴菌對食品的污染可能導致降低食品的食用品質，還會產生黴菌毒素，對人體健康造成危害。
酵母：一些酵母菌對食品加工有益，如發酵粉、釀酒酵母，但某些酵母菌為致病菌，可能引起食物中毒或感染。
以上列出的致病菌均可能污染食品，並對人類健康構成威脅。因此，確保食品安全的關鍵措施包括對食品的生產、加工和儲存過程進行嚴格的監控和控制。