食品安全問題的原因是多方面的，主要包括：
經營者素質不高，消費者自我保護意識不強。部分食品經營者唯利是圖，不注重食品質量，而一些消費者在購買食品時，更關注價格而非品質。
食品安全知識及安全意識不高。特別是在農村地區，民眾對食品安全的了解較少，自我保護能力低下，這為不合格食品提供了市場需求。
無公害食品生產與銷售脫節。由於無公害食品生產成本高，加之人民民眾認同度不高，導致銷售困難。
假劣食品流向城鄉結合部及農村地區。一些不法商販利用這些地區市場信息閉塞和消費水平低的特點，將過期或假冒偽劣食品銷售給當地消費者。
監管職能分散，協調難。食品安全監管涉及多個部門，由於管理體制不同，協調合作存在難度。
政府經費投入不足。在食品安全監管方面的經費投入少，導致一些檢測設備老化，無法及時更新或補充。
環境污染嚴重，農藥殘留問題突出。環境污染和農藥濫用是食品安全的重大隱患。
生產者利慾薰心，違法經營。一些生產者為追求利潤，違法使用添加劑、違規使用農藥等。
監管部門管理不到位，執法部門執法不嚴。監管不力和執法不嚴為食品安全問題提供了空間。
制度法規不完善。在食品安全監管上存在法律制度不完善、執行力度不足的問題。