馬祖有兩種不同的含義：
馬祖是中國古代軍隊中祭祀的保護軍馬的馬神。在中國古代，馬在生產、運輸、軍事上具有極爲重要的作用，因此歷朝歷代對馬的祭祀歷史悠久。馬祖作爲馬的祖先，受到人們的祭祀和崇拜。
媽祖，又稱天后，是中國民間信仰中的重要神靈。她不屬於道教也不屬於佛教，而是一位獨立的神靈。媽祖被尊奉爲漁民的守護神和海上航行的保佑之神，因爲她在人世間時曾經多次拯救過遇險的漁民和海上航行者。媽祖的善行和神蹟使她成爲了民間的神靈，被尊奉爲漁民的守護神和海上航行的保佑之神。媽祖信仰起源於福建，在臺灣，媽祖是信衆最廣泛的神靈，馬祖神明遍地，均源自大陸福建。馬祖神明遍地，均源自大陸福建。清康熙時冊封爲天后，世人尊稱爲”媽祖”，島因此諧稱爲“媽祖島”，後來爲了避諱所以改名馬祖。