馬頭琴的故事一般有兩種說法：
第一種：
蒙古族史詩《江格爾》中記載了這樣一件事：在很久以前，蒙古草原上有一個叫蘇和的小牧童，他非常聰明，經常幫助蒙古族牧民們排憂解難，有一天，蘇和救了一隻被狼咬傷的雕，這隻雕是江格爾的化身。為了感謝蘇和的救命之恩，雕送給蘇和一匹神奇的寶馬，這匹馬身上擁有著與眾不同的圖案，並且還會說話。蘇和長大後，他的寶馬也長大了，它幫助蘇和娶到了美麗的公主，他們的生活過得很美滿，為了紀念這段歷史，蒙古人把這把神奇的兩弦琴稱為馬頭琴。
第二種：
很久以前，草原上有個青年牧民名叫策蘭，他愛上了聰明美麗、心靈手巧的烏日娜。然而，一個兇殘的聲音卻在他們中間炸響，“烏日娜是我家的，你必須做我的奴隸!”這個兇殘的聲音來自邪惡的魔鬼綽根。綽根是個掌握著各種樂器，能用音樂迷惑人的惡魔。他想讓策蘭為它拉琴。烏日娜的笛子一甩出飛向魔鬼，把綽根打落山坡，後來魔鬼得到了一隻套馬桿用來抵禦，還牧民一片幸福生活。於是就發明了馬頭琴的傳說。
這些故事都是用來讚美愛情、和平和智慧的。