《魔物獵人3》的故事圍繞著主角一行人展開。他們為了尋找失蹤的夥伴而踏上旅程，途中不斷遭遇各種魔物襲擊並展開戰鬥。在旅途中，主角等人還結識了新的同伴，並逐漸發現了一個驚天秘密。最終，他們將面對最強的敵人，為了拯救世界展開最終決戰。
此外，本作在系統方面進行了大幅最佳化，包括更合理的怪物調查系統，可以根據怪物的攻擊模式選擇最合適的武器和技能進行戰鬥；新增道具回收系統，玩家可以丟棄不需要的道具；還改進了NPCAI，讓NPC的行為更加自然，同時還新增了盾牌戰鬥的技能等。
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