使用魔球修改器的基本步驟如下：
打開魔球修改器，並進行相關設定。
選擇要編輯的劇本並開始編輯。
對兵種進行屬性設定和武器裝備的選擇。
修改物品屬性或導入新物品、創建觸發器等。修改完成後，點擊「套用」按鈕使修改生效。注意，如果沒有點擊「套用」按鈕而直接進行其他操作，所有修改都不會生效並會重置。
完成所有修改後，點擊「保存劇本」，將編輯器記憶體中的所有數據存入當前MOD的TXT檔案中。
對於特定修改操作（如導入物品或新建兵種），可能需要在遊戲中重新開檔以套用更改。例如，修改兵種屬性、兵種物品欄內的物品等不需要新開檔，而新建兵種或導入物品則需要。在使用過程中，應避免在陣營顏色處輸入漢字或留空，以防止編輯器崩潰。