處理魚缸中的黑毛藻可以通過以下幾種方法：
使用除藻劑。可以使用高濃度的除藻劑，如戊二醛，對黑毛藻進行點射處理，每天在開燈和過濾的狀態下進行一次，連續2到3天，這種方法可以使黑毛藻由黑變紅，再由紅變白，直至死亡，需要注意的是，高濃度的除藻劑不僅對黑毛藻有效，也可能對水草和其他生物造成傷害。
物理除藻方法。將黑毛藻從魚缸中剝離出來，例如修剪葉片上的黑毛藻，或者使用水管和虹吸方式清理沉木或石頭上的黑毛藻，使用鋼毛刷等工具時需小心，以防黑毛藻擴散。
調整水質。通過增加換水頻率、減少養分供應等方式來控制黑毛藻的生長，保持水質的穩定是重要的。
增加生物多樣性。在魚缸中引入以黑毛藻爲食的魚類、螺類等生物，幫助控制黑毛藻的數量。
加強光照管理。合理控制光照強度和時間，定期清潔燈具和過濾器，抑制黑毛藻的生長。
使用水草修剪工具。使用專門設計的工具去除黑毛藻，同時避免傷害水草。
生物防治。利用有益微生物如硝化細菌控制黑毛藻的數量。
選擇合適的方法取決於魚缸的具體環境和黑毛藻的嚴重程度。在處理過程中，重要的是要注意安全和魚缸內生態的平衡。