黃牛和水牛之間存在幾個主要的區別：
體型和外觀不同。黃牛相對較小，體長約1-2米，體重一般在500-1000公斤之間；水牛體型較大，體長可達2-3米，體重可超過1000公斤。黃牛的頭部較小，鼻子較平坦，角狀物較大而直立，皮膚顏色主要爲棕色或灰色，毛髮較濃密；水牛的頭部較寬大，鼻子較突出，角狀物較小而彎曲，皮膚顏色主要爲黑色或黑褐色，毛髮較稀疏。
生活習性不同。黃牛適應能力強，耐粗飼，放牧性能好，不怕酷熱；水牛對熱更敏感，因爲汗腺較少，更喜歡在泥中打滾，經常在早晨和晚上喫草。
生活環境不同。黃牛主要生活在草原、高山等地勢寬闊的地方；水牛主要生活在湖泊、水庫、溪流等水邊泥濘的地方。
用途不同。黃牛多用於肉用和畜牧業，提供牛奶和肉類產品，也可以用於犁地（主要是旱地）；水牛多用於耕地、拉車等農墾活動，尤其是水田，很少作爲肉用。
繁殖能力不同。黃牛的繁殖能力相對較高，每年能生產出一頭以上的小牛；水牛繁殖能力相對較低，每年只能生產出一頭小牛。