處理黑毛藻的方法有多種，可以根據實際情況選擇適合的方法：
生物除藻法。利用特定魚類、螺類等生物，這些生物以黑毛藻爲食，從而控制其數量，例如小精靈魚、黑線飛狐、青苔鼠等。
化學除藻法。使用戊二醛等除藻劑，但需謹慎操作，避免對水草和其他生物造成傷害。
改善水質。通過減少營養供應、增加換水頻率、保持水質穩定等方法，抑制黑毛藻的生長。
調整光照。合理控制光照強度和時間，避免過強的光照促進黑毛藻生長。
物理除藻法。手動摘除或剪掉藻體，但需小心操作，防止對水草造成傷害。
使用除藻劑。市面上有多種除藻劑，可根據說明書正確使用。
定期維護。定期檢查水質、維護設備、更換過濾器等，及時發現並處理黑毛藻。
每種方法都有其優缺點，可根據實際情況和需求選擇最適合的處理方式。