處理烏龜水黴病的方法有多種，以下是詳細介紹：
使用食鹽水。配置4%的食鹽水，將病龜浸洗10分鐘，或用高錳酸鉀溶液對飼養容器進行浸泡消毒。
藥物治療。在食物中拌入適量的抗生素，提高烏龜的抵抗力。可以使用奇黴素、硫醚沙星、聚維酮碘等藥物治療。
提高水溫。將水溫控制在28到30攝氏度，並保持恆溫，直到水黴脫落，一般需要一週左右。
使用其他溶液。使用0.05%的食鹽與0.05%的小蘇打合劑，或亞甲基藍等進行潑灑。
日常管理。加強飼養管理，在飼料中添加維生素E等營養物質，保持水質清新，避免龜體受傷。
此外，對於輕微或剛開始發現的水黴病，可以使用3%-5%的食鹽水浸浴5-10分鐘，或加5%的小蘇打混合後遍灑全池。對於嚴重的水黴病，可以使用聚維酮碘溶液浸泡病龜。對於病龜肛門松大伴有輕微啞口的現象，首先用食鹽溶液消毒，然後用溫水加藥浸泡。對於已經出現水黴的烏龜，可以使用軟毛刷蘸制黴菌素藥液刷洗患處。對於幹養的烏龜，需要定期泡水以避免脫水。