《13機兵防衛圈》是一款冒險類遊戲，故事背景設定在現代日本。遊戲講述了在「那一天」的事件後，主角們為了對抗絕望，展開了一系列戰鬥和探索的故事。遊戲採用多線多主角的敘事框架，玩家在遊戲中扮演不同的角色，通過與各種角色互動來逐漸揭露整個故事。
遊戲的主要劇情涉及以下關鍵點：
扇區3的戰鬥：和泉十郎是扇區3的主要角色，他在戰鬥中展現出堅強的意志力，即使面對重重困難也堅持戰鬥。
虛擬居住區設計者三浦慶太郎：他在校門口遇到了恢復正常的BJ，並與南奈津乃一起，遇到了鷹宮由貴和網口愁夫婦。
地球化改造設計者如月兔美：她的戀人是鞍部玉緒，兩人公開了同居關係，並在校園中遇到了老熟人。
技術工程師井田鐵也：他的AI在遊戲中扮演了重要角色，展現了井田的智慧和犧牲精神。
納米機械技術的暗中出售：森村千尋利用這一技術籌集科研資金，導致國際機關介入調查。
最終戰鬥結束後：複製人全部在現實中甦醒，他們走出莢艙，來到一個已經完成「地球化」改造的新世界。
通過這些角色和情節，《13機兵防衛圈》展現了一個複雜而引人入勝的故事，讓玩家在探索和決策中逐漸揭露真相。