Alcian Blue染色原理主要基於該染料與組織內含有的陰離子基團如羧基和硫酸根形成不溶性複合物的能力。Alcian Blue是一種陽離子染料，其結構特點包括一個中央含銅的酞菁環與四個異硫脲基通過硫醚鍵相連，這些異硫脲基呈中度鹼性，使得Alcian Blue帶有正電荷。因此，Alcian Blue能夠與組織中的酸性基團結合，形成鹽鍵。
當染液的pH值為2.5時，組織內的羧基電離並帶有一個負電荷，能夠與Alcian Blue中的陽離子形成鹽鍵。這使得含有羧基的組織如蛋白多糖、透明質酸以及上皮酸性黏蛋白能夠被染色。
當染液的pH值為1.0時，組織內的硫酸根電離並帶有一個負電荷，同樣能夠與Alcian Blue中的陽離子形成鹽鍵。這使得含有硫酸根的組織如硫酸黏液物質能夠被染色。
中性黏蛋白（例如胃黏膜和Brunner腺體部位的中性黏蛋白）由於不帶電荷，因此不能與Alcian Blue反應，從而不會著色。這種特性使得Alcian Blue成為一種能夠區分不同類型黏液物質的特異性染料。
總結來說，Alcian Blue染色的原理在於其作為陽離子染料與組織中的陰離子基團（如羧基和硫酸根）結合形成不溶性複合物的能力，通過調節染液的pH值可以區分不同類型的黏液物質。