《生化奇兵 2：我是菲尼克斯》的故事發生在哥倫比亞，一個混合了現實與未來科幻元素的城市。玩家將扮演兩個主角，海特和菲尼克斯，通過他們的視角來探索這個城市並揭開背後的故事。
海特是一位沉湎於酒精的酒鬼，他在哥倫比亞城破敗的街道上漫無目的地遊蕩，尋找著殘存的酒癮能夠得到的滿足。與此同時，菲尼克斯則是一位冷靜理智的刺客，他在用自己的方式找尋那些困擾他的人們並對其執行復仇行動。這兩個主角的故事線最終會在城市內部彼此交錯，一起揭開背後的陰謀。
在故事中，玩家還會遇到一些來自各種背景的角色，如黑人、婦女和不同膚色的市民，他們在這個虛構的城市中扮演著各種角色，為生存而奮鬥。這些角色都有自己的故事和動機，他們的存在為遊戲的世界觀增添了更多的深度和複雜性。
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