Call of Duty Black Ops的故事主要圍繞一支秘密特種部隊在冷戰時期的行動，他們被稱為“黑色行動”。這個故事主要分為三個部分：
第一部分主要講述黑色行動的成立以及他們首次執行任務，即暗殺古巴卡斯楚的行動。
第二部分則講述黑色行動的進一步發展，他們滲透到克格勃和中央情報局內部，並開始執行各種秘密任務，包括炸毀東德的主要橋樑和隧道。這個部分還講述了他們的對手——神秘組織“黑夜”。
第三部分講述的是在高科技的支持下，黑色行動開始採用更先進的戰略和技術，如無人機、無人機飛彈、無人潛艇等，以及新的間諜裝備。這一部分還包括對蘇聯和美國之間日益加劇的緊張關係的描繪。
然而，這只是整個故事的一部分，真正的劇情需要在遊戲中自行探索。這個故事充滿了陰謀、秘密、戰鬥和犧牲，是一個引人入勝的劇情。同時，它也提供了對冷戰時期的深入了解，以及當時政治、軍事和技術背景下的生動描繪。整個故事由多個章節和任務組成，每個章節都有自己的主題和情節，給玩家帶來了一個完整而引人入勝的體驗。