氯仿在DNA提取過程中的主要作用是去除細胞裂解物中的蛋白質和脂類雜質，同時幫助分離有機相和水相。具體來說，氯仿的作用包括：
氯仿是一種非極性分子，能與水相分離，同時帶走變性後的蛋白質，但其與水的不混溶性減少了DNA的損失。
氯仿的脂溶性有助於去除脂類雜質，這對於真核生物DNA的提取特別重要。
在使用酚-氯仿法提取DNA時，氯仿與酚混合使用效果最佳，因為酚雖然能有效變性蛋白質，但會溶解一部分水，從而損失部分DNA；而氯仿雖然變性作用不如酚，但不會帶走溶解在水相中的DNA。
此外，氯仿還可以加速有機相與液相的分層，便於後續的分離操作。