EVA（新世紀福音戰士）的故事主要圍繞三個孩子——真嗣、明日香和渚薰——在“第二次衝擊”後的世界中的成長與掙扎展開。故事中，他們與神秘的敵人、人造人戰鬥，同時也面對內心的掙扎和自我救贖。
具體來說，EVA故事的主要情節包括但不限於：三個孩子在孤獨和絕望中成長，他們之間的關係逐漸發展成一種特殊的紐帶。同時，他們與神秘的人造人（如渚薰）和保護者（如司令）之間發生了一系列衝突。在戰鬥中，他們不斷探索自己的身份和存在的意義，同時也揭示了人類面臨的新威脅和新的希望。
此外，EVA故事還探討了許多主題，包括但不限於：自我認知、人際關係、道德和倫理、死亡與再生、人類與機器之間的關係等。整個故事充滿了象徵和隱喻，引發了廣泛的討論和爭議。