《孤島驚魂3》的故事發生在蒙大拿州，玩家將扮演神秘而獨特的角色Farmer，與各種惡勢力和自然環境作鬥爭，以保護自己的家園。遊戲的主要故事情節包括尋找水源、揭露陰謀、對抗腐敗勢力等。同時，遊戲中的多個分支任務和角色獨特的故事線也豐富了故事內容。