GUS染色液的配製方法有多種，以下是一種常見的配製方法：
準備100 mmol/L的磷酸鈉緩衝液（pH 7.0），包含0.5 mg/ml X-Gluc、1% Triton X-100、1% DMSO和10 mmol/L的EDTA。
將X-Gluc Solution（50×）和GUS Buffer按1:50的比例混合，例如取200ul的X-Gluc Solution（50×）加入到10ml的GUS Buffer中，配成10ml的GUS染色液。
將待染色的組織加入到GUS染色液中，確保染色液完全覆蓋組織。
將混合物在37℃下孵育1-24小時，孵育時間越長，GUS活性部位或位點呈現的藍色越明顯。
使用70%乙醇脫去樣本的葉綠素，一般將樣本浸沒於乙醇1-3小時，直至陰性對照呈白色。如有必要，可重複該脫色步驟。
樣本保存於乙醇中，可以在肉眼或普通光學顯微鏡下觀察，白色背景上的藍色即為GUS表達位點。
請注意，GUS染色液最好現配現用，短期可以存放在4℃保存3天，長期保存則需在-20℃下。此外，不同的組織和器官可能需要不同的預處理步驟，例如大的組織和樣品可以使用真空滲入法來幫助底物滲入細胞。