KEGG通路富集分析是一種生物信息學方法，用於鑑定和解釋在特定條件下（如疾病狀態或環境變化）顯著改變的基因或蛋白質在已知生物通路中的分布。這種分析通常涉及以下步驟：
基因或蛋白質列表與KEGG資料庫的比對：首先，將研究中的差異表達基因或蛋白質列表與KEGG資料庫中的基因ID或路徑ID進行比對，以確定這些基因或蛋白質在哪些KEGG通路中有所表示。
統計方法的套用：使用統計方法（如Fisher精確檢驗或超幾何分布法）來計算特定基因或蛋白質在給定通路中過表達或欠表達的機率，從而評估這些通路是否與觀察到的差異表達模式顯著相關。
富集因子的計算：富集因子（Enrichment Factor）是評估差異表達蛋白在KEGG通路中富集程度的一個指標。它是差異表達蛋白中注釋到該通路的蛋白比例與該物種蛋白注釋到某通路的蛋白比例的比值。富集因子越大，表示差異蛋白在該通路中的富集顯著性越可靠。
可視化結果：KEGG通路富集分析的結果可以通過多種圖形展示，包括散點圖、柱狀圖和氣泡圖。這些圖形有助於直觀地理解哪些通路受到顯著影響，以及差異表達基因或蛋白質在這些通路中的分布情況。
結果解讀：分析結果不僅提供了關於哪些通路可能受到影響的見解，還可以揭示這些通路中基因或蛋白質的相互作用和功能。這對於理解生物過程的複雜性和設計新的實驗策略具有重要意義。
綜上所述，KEGG通路富集分析是一種強大的工具，可以幫助研究者深入了解差異表達基因或蛋白質在生物通路中的角色，從而推進對生物學過程的理解和對疾病的診斷和治療。