KOF（拳皇）的故事劇情複雜且多變，涉及多個角色和事件。以下是一個大致的概述：
1. 過去的大戰：遠古時代，曾有過一個被稱為“遙遠彼之地”的種族，他們曾企圖征服全世界。在和全世界格鬥家的戰鬥中，遙遠彼之地被打敗了。而擊敗他們的主角草薙京，是拯救世界的英雄。
2. 新的衝突：一段時間後，新的衝突開始，來自遙遠彼之地（Yakkun）的使者們開始復活並操控一部分人類，將他們轉化為不死的怪物“暗黑影月”（DARK NOVA）。而在這個階段，玩家扮演的是神秘人物K’，為了尋找控制世界的其他原因，開始了冒險之旅。
3. 角色衝突：KOF大賽開始舉辦，各個勢力的頂尖格鬥家都會參加。包括：以正義的格鬥家、被遙遠彼之地操控的影子人、K’的朋友們組成的隊伍、神秘組織等等。他們為了爭奪KOF大賽的冠軍和拯救世界的責任而展開激戰。
在戰鬥中，草薙京終於找到自己曾經的戰友，九泉八尺幽等倖存者並揭露遙遠彼之地再次侵略地球的訊息，大家經過激烈的大決戰終於打敗了邪暗影月的指揮官--涅爾文路克和他的四天王和盧卡爾瓦基斯並消除八咫族能量火種(曾經造成三大奇蹟)。為了消除波動地球自轉和公轉節奏被改變太陽風暴不斷衝擊地球各處出現裂縫使地球出現混亂人類和生物的生活規律被改變所以生命體才都變異成了新人類和新人類在某些情況下也會被YAKUN操控並攻擊其他人等而最終解決這個混亂局面要靠日蝕八拳幽（JENO）留下的9個元氣彈和用“暗黑影月”的力量產生的月之審判才能解決，故事結束。
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