《合金裝備4：愛國者崛起》的故事流程可以概括為八個部分：
1. 起始：遊戲開始，玩家將扮演主角Snake。
2. 遭遇：主角遇到女主角Marina。
3. 島嶼任務：主角團隊成功登入小島，並與敵對勢力發生衝突。
4. 地下基地探險：玩家需要在地下基地中探索並找到出口。
5. 軍事基地戰鬥：主角團隊成功潛入敵方軍事基地，並展開激烈的戰鬥。
6. 角色加入：新角色加入隊伍。
7. 尋找解除裝甲的裝置：玩家需要尋找解除裝甲的裝置，以破壞敵方設施。
8. 結局：玩家需要做出關鍵的決策，最終決定遊戲的結局。
同時，在遊戲流程中，玩家需要完成各種任務和目標，以推動故事的發展和解鎖新的內容。遊戲的劇情和角色發展非常豐富和引人入勝，值得玩家去探索和體驗。