《合金裝備5：幻痛》的故事主要圍繞著主角Snake（蛇）的復仇和解放故事。故事從Snake被背叛並被俘虜開始，他被囚禁在偏遠的軍事基地，並被植入了一個可以讓他在特定條件下逃脫的微型間諜設備。Snake利用這個設備逃脫並開始了復仇之路，同時揭露了軍事組織內部的腐敗和濫用權力的情況。
在這個過程中，Snake與不同的角色建立了聯繫，包括Meryl（梅麗），一個機智勇敢的戰鬥偵查小隊成員，以及Big Boss（大塊頭Boss），一個歷史上的著名軍事領導人的克隆體。這些角色與Snake一起面對著敵人的挑戰，並在故事的高潮中揭露了一個涉及到軍事組織核心的巨大陰謀。
除了主線故事外，遊戲還包括了一系列支線任務，這些任務為玩家提供了探索遊戲世界的機會，並與遊戲中的角色建立更深入的聯繫。這些任務還為玩家提供了展示Snake的能力和技能的場所，例如戰鬥、潛行和駕駛載具。
總的來說，《合金裝備5：幻痛》的故事是一個關於復仇、背叛、腐敗和自由的探索，通過深入的角色關係、複雜的陰謀和廣闊的遊戲世界，為玩家提供了一個引人入勝的冒險故事。