MSI檔案是Windows Installer的數據包，本質上是一個資料庫，包含安裝一種產品所需的信息和指令，用於指導程式的安裝和卸載過程。
MSI檔案將程式的組成檔案與功能關聯起來，包含有關安裝過程本身的信息，如目標資料夾路徑、系統依賴項、安裝選項和控制安裝過程的屬性。當Msiexec.exe被安裝程式調用時，它將使用Msi.dll來讀取軟體包檔案（.msi）、套用轉換檔案（.mst）並合併由安裝程式提供的命令行選項。Windows Installer負責執行所有與安裝有關的任務，如將檔案複製到硬碟、修改註冊表、創建桌面捷徑等。採用MSI安裝的優勢在於可以徹底刪除已安裝的程式、更改安裝選項，即使在安裝過程中出現錯誤也能安全地恢復到之前的狀態。
MSI格式與EXE格式和AppX格式相比，具有其獨特的優點和適用場景。例如，MSI格式適合於無人值守的安裝情況，特別是在驅動程式和軟體的分發中；EXE格式則因其功能的豐富性和靈活性而被廣泛使用；AppX格式主要用於Windows 8及更高版本的通用Windows應用程式。