《NDS原始人》是一款策略角色扮演遊戲，遊戲的操作主要依靠觸控筆。在遊戲中，玩家需要在一個村莊中進行各種活動，如擴建設施、分工人事、打造裝備等準備工作。然後，玩家會離開村莊進行打獵和探索，目標是打倒區域BOSS，並調查金色果實以提升文明等級。每次離開村莊，玩家可以帶出一定數量的戰士，最多20個。帶出的戰士越多，戰鬥力越強，同時也能帶回更多的素材。回到村莊時，玩家可以將舉起的素材帶回村子。靠近素材時，螢幕上會顯示一個數字，稱為「要素數」，這個數字越高越好。每個區域都有BOSS，玩家需要打倒它們才能選擇直接回村，這是遊戲中唯一需要使用按鍵的地方。
遊戲中的每一天相當於回村一次，之後會進行獲得物品的結算，並根據獲得的食物總數來決定人口增減。如果連續兩天沒有帶回充足的食物，人口會下降。所有的素材都可以使用，使用後可以獲得各種效果，但每次只能發揮一種效果。如果在效果消失前使用了其他素材，後一種效果會取代前一種。此外，要素數越大的素材使用後效果越明顯。