PDB格式有多種含義，具體如下：
PDB檔案是Palm OS作業系統上的數據檔案類型。這種檔案通常用於電子書或手機電子書，PDB是Palm DataBase的縮寫，Palm OS所用檔案的擴展名為「.pdb」。PDB檔案可以在編譯工程時產生，與對應的模組(如exe或dll)一起生成，可以使用一些特有的PDB閱讀器打開。
PDB(Protein Data Bank)是一種標準檔案格式。這種格式包含原子的坐標等信息，提交給Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)的結構都使用這種標準格式。PDB檔案是一種用於描述蛋白質和核酸分子的三維結構的檔案格式，包含了原子坐標、鍵長、鍵角、二面角等信息，以及分子的序列、注釋和元數據。
PDB格式是Windows作業系統中的一個檔案格式。用於存儲調試信息，如源檔案名稱、變數名、函式名等，通常在Debug模式下生成。