《Persona 3》的故事圍繞著兩位主角，他們被捲入了一場關於內心深處"Persona"的奇妙冒險。故事講述了兩位主角因為學校里的一個奇怪事件而被困在櫻花市的學校中，他們需要在這個學校中調查並解決各種事件，以解開學校背後的真相。
在冒險的過程中，他們需要與各種角色互動，並收集各種線索，以解開學校背後的真相。同時，他們還需要與被稱為“外校怪人”的犯罪集團進行鬥爭，以保護櫻花市的安全。
此外，故事中還涉及到一些心理和情感的主題，如主角們的內心掙扎、自我認知和成長等。這些主題在遊戲中得到了深入的探討和表現。
總的來說，《Persona 3》是一個充滿冒險、探索和情感的故事，它通過獨特的遊戲形式和深入的主題探討，為玩家提供了一個引人入勝的冒險故事。