《Prototype 2》的故事內容主要圍繞著主角詹姆斯·默瑟，一個由基因改造工程創造的半人半獸的生物，他試圖尋找一個能夠讓他獲得永生的方法。在遊戲中，他與一個名叫艾莉絲的角色有關聯，他們之間的關係和默瑟的身世都是故事的重要部分。
此外，遊戲還涉及一個巨大的危險武器，名叫“原形”，它被認為是默瑟的創造者所留下的遺產。原形是一個能夠將生物變為獸形的生物兵器，它會不斷尋找宿主並將他們變為獸形。
在故事中，玩家將探索一個由高科技建築物、地下城市和廣闊的公園構成的世界，這裡充斥著敵人和各種危險。玩家需要使用默瑟的超人能力來克服障礙，解決謎題，並尋找艾莉絲的幫助。
請注意，這只是《Prototype 2》故事內容的一個簡要概述，玩家還可以通過遊玩來了解更多細節和情節。