RFLP分析，全稱限制性片段長度多態性分析（Restriction Fragment Length Polymorphism），是一種基於DNA的分子標記技術，主要用於檢測基因型之間限制性片段長度的差異。這些差異是由限制性酶切位點上鹼基的插入、缺失、重排或點突變所引起的。
RFLP分析的基本原理是利用特定的限制性內切酶識別並切割不同生物個體的基因組DNA，產生大小不等的DNA片段。這些片段的長度和數量反映了DNA分子上不同酶切位點的分布情況。通過凝膠電泳分析這些片段，並與克隆DNA探針進行Southern雜交和放射顯影，形成反映個體特異性的RFLP圖譜。
RFLP分析的步驟主要包括：
DNA提取：使用高質量的基因組DNA。
酶切：用限制性內切酶酶切DNA。
電泳分離：用凝膠電泳分開DNA片段。
轉移：將DNA片段轉移到濾膜上。
雜交：利用放射性標記的探針雜交顯示特定的DNA片段。
分析：分析雜交結果。
RFLP分析的優缺點：
優點：結果簡單明了，可以檢測到基因組單拷貝序列的變化。
缺點：操作繁瑣，檢測周期長，成本高昂，不適於大規模的分子育種。
RFLP分析的套用：
在基因定位及分型、遺傳連鎖圖譜的構建、疾病的基因診斷等方面得到了廣泛的套用。
還可以套用於親子鑑定和群體研究等。
儘管RFLP分析已被多種其他技術所替代，尤其是在成本和效率方面，但它仍然是分子生物學和遺傳學研究中的一個重要工具。