Silent Hill 4的故事圍繞著一座被詭異氛圍籠罩的小鎮，以及一個名為山姆·尼爾的主角。這個故事主要是通過他在Silent Hill的經歷，來揭示這個地方的真實面目以及他和他的家人的命運。
故事的開始，山姆因為一次車禍事故，陷入了昏迷，然後他的母親克萊爾在沒有回應他呼救的情況下消失在Silent Hill的深處。醒來後，山姆決定進入Silent Hill去尋找他的母親。
在遊戲中，山姆將遭遇許多未知的危險和無法解釋的現象。同時，他也揭示了Silent Hill背後的秘密，這個地方是一個由魔法和詛咒創造出來的黑暗世界。在尋找母親的過程中，山姆不僅需要面對這個世界的恐怖生物，還需要面對他內心的恐懼和掙扎。
最後，山姆通過自我成長和勇氣，成功找到了母親並擊敗了導致他們陷入Silent Hill的罪魁禍首。然而，故事的結局留下了懸念，因為遊戲沒有明確交代克萊爾是否能夠完全康復。
總的來說，Silent Hill 4的故事是一個充滿恐怖、懸念和探索的故事，玩家在探索這個神秘小鎮的同時，也需要面對自己的恐懼並尋找自己的勇氣。