UDG酶（Uracil-DNA Glycosylase）防污染的原理主要基於其在PCR反應中的套用。具體來說，UDG酶可以在PCR反應前，催化水解含有dUTP（一種替代dTTP的核苷酸）摻入的DNA鏈中的尿嘧啶鹼基和糖磷酸骨架的N-糖苷鍵。這一過程產生缺嘧啶位點，並釋放游離尿嘧啶。隨後，通過熱處理使UDG酶失活，並利用高溫促使缺嘧啶位點的磷酸骨架水解斷裂，從而消除含有尿嘧啶的PCR產物的污染。重要的是，天然的、未經修飾的DNA不含dU，因此不受UDG酶影響，可以繼續作為PCR/qPCR擴增的模板進行擴增。