UNG酶（尿嘧啶-DNA糖苷酶）的防污染原理主要基於其在PCR（聚合酶鏈式反應）過程中對含有dU（脫氧尿嘧啶）的DNA鏈的選擇性水解。具體來說：
替代dTTP：在PCR反應中，將傳統的dTTP（脫氧胸腺嘧啶核苷酸）替換為dUTP（脫氧尿嘧啶核苷酸），這樣在PCR擴增過程中，dUTP會摻入到DNA鏈中，形成含有dU的PCR產物。
UNG酶作用：UNG酶能夠選擇性水解斷裂含有dU的雙鏈或單鏈DNA中的尿嘧啶糖苷鍵。這一過程形成有缺失鹼基的DNA鏈，這些鏈在鹼性介質和高溫下會進一步水解斷裂，從而被消除。
溫度處理：在PCR反應前，UNG酶在25℃下催化水解含有dU的DNA鏈中的尿嘧啶鹼基和糖磷酸骨架的N-糖苷鍵，產生缺嘧啶位點。隨後進行95℃的熱處理，使UNG酶失活，同時高溫使得缺嘧啶位點的磷酸骨架極易水解斷裂，從而消除含有尿嘧啶的PCR產物的污染。
防止氣溶膠污染：由於UDG酶（UNG酶的另一種稱呼）的底物專一性，它在PCR體系中僅降解含有dU的PCR產物，而不會對模板DNA產生影響。這有效地預防了PCR擴增產物造成的氣溶膠污染，因為微量的PCR產物污染就可能導致擴增假陽性。
綜上所述，UNG酶通過在PCR過程中替代dTTP為dUTP，並利用其選擇性水解能力以及隨後的溫度處理，有效地消除含有尿嘧啶的PCR產物，從而防止氣溶膠污染，確保PCR反應的準確性和可靠性。