《巫師》系列小說有多個故事線，以下是其中幾個主要的：
* 葉奈法的灰燼故事線：主角傑洛特在舊貴族莊園閒逛時發現一個巨大的洞穴，裡面堆滿了瓦利安特貴族們的骨灰，每個貴族都有一個關於他們使用或追求魔藥的離奇故事。該故事線揭示了葉妮芙和傑洛特在一起生活多年後的種種趣事。
* 艾瑞汀的刺客故事線：尼弗迦德帝國為了爭奪北方霸權，在帝國內部培養並派遣了一支神秘刺客組織，以刺殺各方勢力代表人物。這個故事線展示了北方諸國對抗時期一個普通刺客的成長曆程以及他的組織與敵對勢力的糾葛。
此外，主要的劇情線還有：獵魔人主線故事線、利維亞的傑洛特以及白狼陰影故事線、瑟熙的旅程故事線、維爾克斯的寶藏故事線以及史凱利傑群島的諸位島主的故事線。這些故事圍繞著主角傑洛特，描述了他在不同時期、不同地點經歷的各種事件和冒險。
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