《Xenogears》的故事設定在一個名為蓋亞的世界中，這個世界正遭受著來自地殼深處“火之部族”的威脅。主角古連泰在戰鬥中與被神明遺棄的巨神兵“蓋爾”結合，並被賦予了與神明同等的力量。他必須與“火之部族”的領袖薩爾菲爾德戰鬥，以保護自己的世界。
故事中，古連泰和蓋爾在旅途中不斷成長，並逐漸揭示出蓋亞世界的真相。他們必須解開一系列謎團，以阻止一場毀滅性的戰爭。最終，古連泰必須與薩爾菲爾德進行一場決定世界命運的決戰。
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