三教九流最初的含義是指三種宗教和九個學術流派。三種宗教指的是儒教、道教和佛教，而九個學術流派則根據《漢書·藝文志》的劃分，包括儒家、道家、法家、名家、墨家、陰陽家、縱橫家、農家和雜家。
隨著時間的推移，三教九流的概念逐漸泛化，也用來指稱社會上各種宗教類別、學術流派，以及各種職業和人物。在後世的發展中，三教九流有時被用來泛指社會上的各色人物或各種行業，但這種用法往往帶有貶義。例如，在《水滸傳》中，三教九流被用來形容包括帝子神孫、富豪將吏在內的各種社會階層，不分貴賤。
另外，有一種說法將九流分為上、中、下三種，上九流包括帝王、聖賢、隱士等，中九流包括舉子、醫生等，下九流包括師爺、衙差等。這種分類反映了古代社會對不同職業和社會階層的看法和評價。
綜上所述，三教九流原本指三種宗教和九個學術流派，後來泛指社會上的各種宗教、學術流派、職業和人物，有時帶有貶義。