捻佛珠的方法有多種，常見的有以下幾種：
單手持珠法。將念珠展開，用右手四指下托，念佛或持咒時，從母珠（最大的那顆珠子）旁的第一顆珠子起，用母指掐捻，每念一句或念誦一咒，就掐捻一顆珠子。當掐到母珠時，應立即由左向內轉過頭來，再從母珠旁的第一顆珠子開始掐捻，注意不要跨越或直掐而過母珠。
雙手持珠法。將念珠置於兩手之間，呈交叉狀，把母珠放在一側，掐捻一周，回至原處即可。如果念誦者除了把佛珠當作記數的工具外，還希望通過它來體悟更多佛理，可以在手捏到隔珠時，用「佛、法、僧」三寶或「戒、定、慧」三學來觀想，在手掐到母珠時，同樣可以觀想佛的相好光明。
此外，捻佛珠時應注意不要跨越或直掐而過母珠，因為這被視為不敬。同時，可以根據個人習慣和喜好選擇不同的持珠方式。