處理作廢錯發票的流程取決於發票類型（普通發票或增值稅專用發票）以及發現錯誤的時間（當月發現還是跨月）。
對於當月發現的普通發票錯誤，可以採取以下步驟：
在稅控系統中找到錯誤發票，進行作廢處理。
確保作廢的發票聯次齊全，並蓋上公司統一的發票作廢章。
如果需要，可以重新開具新的發票。
對於跨月的普通發票錯誤，可以採取以下步驟：
在稅控系統中輸入發票代碼進行紅衝處理。
重新開具正確的發票，並在原發票上加蓋紅色“沖銷”章。
對於增值稅專用發票，當月發現的錯誤可以採取以下步驟：
在稅控系統上作廢。
已經作廢的增值稅發票必須加蓋作廢章或註明作廢字樣，並妥善保管以備查覈。
跨月的增值稅專用發票錯誤，需要先在稅控系統上做紅字申請，等待稅務局批准後才能沖銷這票的稅金。
需要注意的是，電子發票一旦開具錯誤，由於其具有不可篡改的特性，無法進行作廢處理。在這種情況下，可以採取重新開具正確發票的方式，原錯誤發票金額作廢。