免稅收入的會計處理通常包括以下步驟：
記錄收入和應交稅費。當企業產生收入時，應進行以下分錄：借記「應收賬款」或「銀行存款」，貸記「主營業務收入」和「應交稅費-應交增值稅-銷項稅」。這一步反映了收入的確認以及相應的稅費。
確認免稅額並處理。在確認免稅額時，將之前記錄的稅費轉入非應交稅費部分，進行以下分錄：借記「應交稅費-應交增值稅-銷項稅」，貸記「營業外收入」或「補貼收入」。
結轉損益。在月末或年末，將收入和免稅額的影響結轉到本年利潤，進行以下分錄：借記「主營業務收入」和「營業外收入」，貸記「本年利潤」。
處理未分配利潤。最後，結轉本年利潤到利潤分配-未分配利潤，進行以下分錄：借記「本年利潤」，貸記「利潤分配-未分配利潤」。
對於直接減免的增值稅，如果企業實際收到即征即退、先征後退、先徵稅後返還的增值稅，則借記「銀行存款」科目，貸記「補貼收入」科目。對於直接減免的營業稅、消費稅，不作賬務處理。